一键恢复安装到主分区发现BUG

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我感觉我的操作过程没有出错，我本来是先用GHOST盘安装完系统，然后在硬盘的最后划分出一个主分区，把一键恢复安装到了最后的主分区并隐藏为EISA，结果发现系统不能正常启动了。
然后用光盘启动到DOS运行DISKGEN发现最后那个主分区被激活。接着重新激活第一个分区，重新安装GHOST系统还是不能正常启动，然后用安装版的又重新安装系统，这次是能正常启动了，但是发现NTLDR被安装到了最后那个分区，最后一个分区也被显示出来了，不知道具体是哪的问题，难道只能把一键恢复安装到逻辑分区才行吗？
希望论坛里的高手帮忙解答一下，谢谢了。

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我自己做的，我也不知道是哪出了问题，好象出问题的几率到是挺低的，大概几百分之一吧
一键恢复是用的1JF9引导最后一个主分区的DOS，然后用DOS启动GRUB，然后GRUB启动PE。
电脑配置是SP3200，技嘉C61 ，威刚1G，ST160G。