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exFAT比过去的FAT文件系统的劣势在于:
某些旧设备(如个人数码助理(PDA)和数字相机)无法使用exFAT格式的存储卡。
使用exFAT的设备将不能用Windows Vista的ReadyBoost功能。(Windows 7 以上版本中的新的exFAT系统支持ReadyBoost)[8]
专利授权方式不明确。夏普、RIM[9]、任天堂分别和微软达成了exFAT授权协议。存在专利费。微软曾经为FAT的一部分申请专利。[10]曾经有用户从三星的Android中分离出不基于FUSE实现的exFAT内核模块代码并按照Linux的GPL协议释放出来,被认为三星得到微软支持下开发的。[11]之后三星也正式释放了相应模块代码。
2019年8月,微软公开了exFAT的技术文档,并支持将exFAT功能集成到Linux内核中[12]。Linux内核将于版本5.4中提供初步支持[13][14]。
Windows XP SP3之前的旧版Windows暂时不支持exFAT,Windows XP可以安装修改更新KB955704来支持exFAT[15],Linux操作系统需要通过第三方开发的文件系统驱动来支持exFAT(例如,谷歌公司的exfat工具[16]、FUSE exfat、exfat-nofuse[17]、sdfat),Mac OS X可透过升级至10.6.5来全面支持exFAT[18]。
UEFI不支持exFAT,只支持FAT和FAT32,格式化为exFAT的EFI启动磁盘将无法被识别。然而现今支持EFI引导安装的主流操作系统,其安装文件都存在单个文件大于4GB的情况(如Windows 10的install.wim、Linux发行版放置系统文件的SquashFS映像),显然不能再使用FAT与FAT32。
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